Com uma proposta inovadora e moderna, os Centros Universitários cresceram e se desenvolveram sob a égide da avaliação, implantada no governo FHC e regulamentada pelo governo Lula com a implantação do SINAES. Exercem com eficiência e qualidade o seu papel na matriz educacional do ensino superior brasileiro.

A Associação lutou, perseverou e venceu batalhas importantes, tais como a derrubada do famigerado Decreto 4.914 que pretendia extinguir os Centros Universitários ao final de 2007. Devolveu aos Centros Universitários sua autonomia assegurando o registro de diplomas com a edição do Decreto 5.786, garantiu junto ao texto da Reforma Universitária no Congresso os Centros Universitários como tipologia em lei. Foram muitas as batalhas onde foi necessária a intervenção da Associação em defesa dos interesses de seus associados. A ANACEU tem buscado incessantemente a consolidação dos Centros como importante figura na estrutura do ensino superior brasileiro perante as esferas governamentais e a sociedade, com autonomia, liberdade de atuação e identidade própria.